První výzvu pro žádosti o dotace z programu Vysokorychlostní internet vypsalo MPO v březnu 2017, tedy dva roky po schválení programu. Vypsání se zdrželo především kvůli tomu, že ČR neměla do roku 2016 připraven Národní plán rozvoje sítí nové generace. Ten byl přitom předběžnou podmínkou Evropské komise pro čerpání podpory. Zpracování plánu trvalo dva roky a provázel jej spor mezi MPO a Ministerstvem vnitra, který se týkal způsobu poskytování dotací.

V době vyhlášení první výzvy se ale díky investicím podnikatelů blížilo pokrytí domácností vysokorychlostním internetem původně stanovenému cíli 77 %. O dotace nebyl zájem. Přihlásili se pouze tři zájemci. Těm MPO na doporučení Evropské komise dotace nemohlo přidělit. MPO totiž nerespektovalo podmínku, že podpora má směřovat jen do oblastí, kde pokrytí není a ani jej podnikatelé neplánují v následujících třech letech vybudovat. MPO mělo při přípravě výzvy neaktuální data, a tak nevyřadilo některé oblasti ČR, které už pokrytí vysokorychlostním internetem měly.

Druhou výzvu pro žádosti o dotaci vyhlásilo MPO v únoru 2019, téměř po dvou letech od první. Tu už mělo lépe připravenou. Přihlásilo se 40 zájemců a žádosti o podporu přesáhly o 11 % jednu miliardu korun přidělenou pro tuto výzvu. Většinu žádostí podala jedna společnost. V době kontroly NKÚ probíhalo hodnocení žádostí a MPO nevydalo žádné rozhodnutí o poskytnutí podpory.

Žádné dotace na vysokorychlostní internet MPO ani po pěti letech nevyplatilo. Téměř polovinu z 13,8 miliardy korun vyčleněné na tento program přesunulo MPO po dohodě s Evropskou komisí na Integrovaný regionální operační program a na operační program Životní prostředí.